Les écosystèmes édaphiques et leurs êtres vivants sont responsables de l'oxygénation, de la filtration, de la séquestration et de la dégradation des polluants, participant ainsi à la purification de l'eau souterraine. Ces activités biologiques peuvent être mesurées de plusieurs manières : indicateurs de respiration microbienne ou notre perception de la qualité de l'eau souterraine. Ce service est à la base des services de production en eau souterraine en assurant sa qualité.