Les écosystèmes réduisent les risques d'inondation et leur intensité en servant de réservoir temporaire aux eaux de précipitation et de ruissellement, en stockant une partie de ces eaux dans leur sol, en l'interceptant par la végétation, etc. Ce service peut être évalué de plusieurs façons : quantité d'eau stockée par les écosystèmes, vulnérabilité aux inondations, etc. Cette réduction des inondations limite les dégâts humains et matériels, maintenant un certain niveau des services de production. En outre, ce service est tributaire du service de régulation du cycle de l'eau. Enfin, le service de régulation du climat global par séquestration des gaz à effet de serre peut interagir avec ce service dans le sens où le changement climatique peut être responsable de l'augmentation et de la fréquence des évènements extrêmes.